十六樓的萬佛殿，挑高三十九公尺的空間，讓人一進入殿堂頓覺豁然開朗。萬尊銅鑄藥師佛及八十八佛，羅列於周圍牆面成就金碧輝煌的萬佛牆，萬佛殿因此得名。大帷幕玻璃與藥師七佛塔，更是萬佛殿中增益莊嚴而巍然的精心建構，使得整座殿堂宛如十方諸佛護佑之佛國淨土。

藥師七佛塔是一項傳統大木作，以精緻工法不含鐵釘接榫而成，表現出傳統飛簷、斗拱的建築特色，在緬甸柚木古銅色澤及淡淡的柚木清香中，更加顯得沉穩且莊嚴。

七佛塔所在位置，為中台禪寺中軸線的中心。透過蓮花瓣外型的大帷幕玻璃向內看，整座塔古典莊嚴清晰可見。中台禪寺整體建築外觀以佛塔（梵語stupa）的外型，七佛塔建構於禪寺中心，佛塔中有佛塔，形成「塔中塔」的建築特色。

塔高七層的佛塔，各層分別供奉著銅製藥師七佛：善名稱吉祥王如來、寶月智嚴威音王如來、金色無垢寶光妙行成就如來、無憂勝吉祥如來、法海雷音如來、法海勝慧遊戲神通如來，與藥師琉璃光如來；藥師七佛又做七躬醫王，各各住於東方四恆河沙乃至十恆河沙的世界中，各以發持的廣大願行，教化度眾。

在藥師七佛塔中的壁面上，供奉著以手工線雕的工藝技法，重新呈現天寧寺拓本五百羅漢聖像，由於原版的天寧寺羅漢聖像，早在元末時期毀於祝融之災，而今日的聖像乃是由拓本所造，而今以線刻方式雕刻重新呈現，將年代久遠的古蹟，以現代藝術工匠的技法重現於世，為佛教典藏的古蹟重新付予新的生命，更顯出佛塔的殊勝。

壁面之外，恭刻《金剛般若波羅蜜經》的經文，鑲刻在佛塔的四周外牆，在銅版鍍鈦蝕刻的鑄煉下，古銅霧金的字句，處處傳達著佛陀慈悲的深切教意。

如此，佛、法、僧三寶，環繞在藥師七佛塔的內外，交相傳遞著三寶護佑眾生，眾生護持三寶的菩提大願，在右繞佛塔時，願生生世世廣發菩提願行，充塞於心，也沛然於天地。