中台佛教學院設有男眾分院與女眾分院，各有「研究所」及「大學部」兩大部別。

大學部
大學部為僧眾修行之養成教育，以佛學基礎課程爲主，奠定學僧修行之正知見，並確立良好之僧格。學程為三年。

研究所
研究所以專門培育解行並重、弘宗演教之僧才爲目的。學程為二年。