出家參學
黃龍派初祖──黃龍慧南大師，是宋代信州玉山（江西）人氏，俗姓章，從小個性就很沉靜，如同大人一般，從不沾葷食，也不與一般孩童一樣喜歡玩鬧嬉戲。十一歲時跟隨懷玉定水院智鑾法師出家。曾在與智鑾禪師出外化緣的路途中，經過村莊的廟會，因見村人殺生祭祀，慈悲心起，而私下搗毀祠廟裡的供品並放走將被宰殺的牛。十九歲時受具足戒，並於二十三歲開始遊學參方。
大師曾經參廬山歸宗寺自寶禪師（雲門派），在其門下住了半年多。自寶禪師在堂上說法時，慧南禪師身斜靠著牆，自寶禪師多看了他幾眼，從此慧南禪師對自己行住坐臥的細行都很注意，坐必結跏趺，行必直視前方，深具大將之風。後來禪師又到棲賢寺參澄諟禪師（法眼宗），澄諟禪師在日常生活中的一切行為舉止都不違法度，把禪的最高原則融會在日常生活的點點滴滴。慧南禪師在這裡參學三年後，又再參三角山懷澄禪師，並隨懷澄禪師移居到泐潭，且受到懷澄禪師分座說法的禮遇。
在這裡，他遇到了南昌文悅禪師，文悅禪師認為慧南禪師將來一定可以成為佛門的龍象，於是利用機會提點他，要他去參臨濟宗的第六代正宗傳人石霜楚圓禪師（又稱慈明禪師），於佛法的體悟必定大有助益。
路途中，禪師遇到由石霜山來的僧人，因為不能領略楚圓的宗風，說到楚圓常常輕慢前來參學的學人，引起了禪師的疑心，所以就在半途改道，前往南嶽福嚴寺。在福嚴任書記一職，過了半年，本想離開福嚴再度參方，正巧楚圓禪師要來接任福嚴寺住持，便決定留下來，看看石霜楚圓禪師到底是什麼樣的人。
悟道因緣
楚圓到了福嚴寺，每次上堂說法，總是說沒兩句就開始罵人，對許多大叢林的長老都有鄙薄之意，連懷澄禪師的開示，也都被他當作邪解，嚴加訶斥。慧南禪師對此感到氣憤不平，但回想文悅禪師的話，想到心中的疑惑要自己來解開，因此決定直接向楚圓禪師請法。
楚圓原以為慧南的聲名遠播，必定於佛法有所領悟，因此問了慧南一個雲門宗的公案──「洞山守初在參雲門文偃禪師時，雲門禪師要打他三頓棒，這三頓棒是該打？還是不該打？」慧南禪師曾經參過這段公案，因此毫不遲疑地回答：「該打」。楚圓禪師聽了他的話，神情嚴肅地說：「聽了說打三頓棒，就是挨棒。那麼你從早到晚，聽蟲鳴鳥叫、鐘鼓木魚打板之聲，也應該要挨棒，那麼你挨棒要挨到何時呢？」慧南禪師瞠目結舌，回答不出來。楚圓禪師說：「我一開始以為當不了你的老師，現在看來，當之無愧。還不拜下。」慧南聞言趕緊頂禮拜下。楚圓禪師又講了一段公案：「趙州禪師說他勘破了五台山的婆子，趙州到底從什麼地方勘破她了呢？」慧南被問得啞口無言，汗如雨下，無法回答而退出方丈室。
隔天，慧南進入方丈室請求開示，又被痛罵一頓，慧南慚愧地說：「就是因為疑團無法解開，所以再來請求和尚開示。罵人難道是和尚慈悲接引的方式嗎？」楚圓笑著回答他：「這就是罵嗎？」慧南當下有所契悟，大聲說道：「泐潭真的是以死語在接引學人。」並作出一首偈子呈上──「傑出叢林是趙州，老婆勘處沒來由；而今四海清如鏡，行人莫以路為讎。」楚圓禪師看了後，以手指著「沒」字並看著慧南，慧南更改成「有」字，心中更加地佩服楚圓禪師，又住了一個多月之後才離開，這一年慧南禪師三十五歲。
歷經磨難
後來，禪師到了同安崇勝禪院接任住持（一○四四年），並於第一次陞座開堂說法時，宣佈自己師承於湖南楚圓禪師，從此，泐潭懷澄禪師及其徒眾，與慧南之間的關係就此斷絕了。在同安兩年之後，禪師又被請至廬山歸宗寺擔任住持（一○四六年）。
在歸宗寺住持時，遭遇了火難，禪師因此被關進縣衙，官吏們百般編排罪名，欲將他治罪。禪師深怕連累其他人，一一承認，不作任何辯解，將責任攬在自己身上。禪師被關押在獄中兩個月，六十天都沒有進食。出獄後，他終生對於在獄中所遭受到的磨難，隻字未提。八年後，又移往宜豐黃檗山（一○五四年），最後幾年住持於江西修水義寧黃龍山。
開演法義
慧南禪師接引學人的手法，不用死板的言語，也不像臨濟宗的末流濫用棒喝，而是充分醞釀疑情，將學人的思維推上絕路，再伺機推一掌，使其大疑大悟。曾有人問禪師這麼做的用意，禪師回答：「父嚴則子孝。今日之訓，後日之範也。譬諸地爾，隆者下之，窪者平之。彼將登于千仞之上，吾亦與之俱；困而極于九淵之下，吾亦與之俱。伎之窮，則妄盡而自釋也。」
每當有學人請法時，禪師總是先問：「我手何似佛手？」接著再問：「我腳何似驢腳？」最後再問：「人人都有生緣，你的生緣在哪裡？」以此三語來試探學人，挑起學人最深沉的疑情，疑之至極，令其困極而通，觸機開悟。這就是著名的「黃龍三關」。禪師說，如此檢驗學人，「已過關者掉臂逕自而去，安知有關捩；從捩問可否，此未透關者也。」
禪師嘗自言：「黃龍出世，時當末運，擊將頹之法鼓，整已墜之玄綱。」禪師開創的這一派別，被稱為黃龍派，與同門師兄楊岐方會開創的楊岐派，和臨濟、溈仰、曹洞、雲門、法眼，合稱為禪門的「五家七宗」。
端坐示寂
黃龍慧南禪師法席昌盛，媲美馬祖、百丈及大智禪師。黃龍禪師在熙寧二年三月十六日上堂辭眾說道：「山僧才輕德薄，如何能夠作為人師？由於不迷昧本心，不欺誑諸聖，而能解脫生死，得到自在。所以大覺世尊在燃燈佛那裡，沒有得到一法；六祖半夜在黃梅那兒，又傳到了什麼？」接著說偈：「得不得傳不傳，歸根得旨復何言；憶得首山曾漏泄，新婦騎驢阿家牽。」十七日，於寢室內結跏趺坐，在大眾環擁之下圓寂，世壽六十八歲，戒臘五十年。大觀四年春天，皇帝敕諡「普覺」。
禪師圓寂後，弟子建塔於黃龍，世稱黃龍慧南。門下得法弟子八十三人，以晦堂祖心（又稱黃龍晦堂）、寶峰克文、東林常聰最為著名。