神秀在堂前廊壁间写下他的偈子：“身是菩提树，心如明镜台，时时勤拂拭，勿使惹尘埃。”为寺内僧人广为流传。惠能听闻此偈，便知此偈未见本性，于是请江州别驾张日用帮他书写自作的偈诵：“菩提本无树，明镜亦非台，本来无一物，何处惹尘埃？”此偈写后，五祖门人们都很惊讶，互相谈论惠能与他的偈诵。五祖恐怕有人伤害惠能，于是用鞋子将偈抹去，并说：“这首偈也没有见到自性。”大众听了之后，便以为如此，遂息了诤论。
尔后，五祖为惠能讲解《金刚经》，至“应无所住而生其心”，惠能言下大悟。五祖遂将衣钵传给惠能，嘱其广度有情，将心法流传后世。
出生
原籍范阳的卢行滔，因事罢官，被流放至岭南新州(现广东省新兴县)；在唐贞观十二年 (公元638年)二月八日，初获麟儿，天未破晓时分，有两位不寻常的僧人来至卢家道贺，并为婴儿取名为“惠能”，预言此儿将来必能“惠施众生，能作佛事。”此儿即是日后的禅宗六祖。
惠能三岁时，父亲去逝，家中日渐穷困，与母移居广东南海县，渐长后，家中即靠惠能砍柴维生。
离家求法
一天，惠能行经旅店，听闻一客人诵经，顿有所悟，遂问客诵何经，客人回答：“金刚经。”惠能又问：“这部经是从那里得到的呢？”客人回答：“这是我从蕲州黄梅县东禅寺请来的。该寺的住持五祖弘忍大师常劝出家与在家弟子要持诵《金刚经》，就能见到自己的自性，直下了悟成佛。”惠能听了，非常仰慕，很想前往亲近，但因母亲无人奉养而踌躇不决。有人知道他的困境，于是赠予白银十两用来安奉他的母亲，成就惠能前往黄梅参礼的愿心。
惠能迫不及待的赶路，晓行夜宿约三十日，才到达黄梅参礼五祖。五祖问：“你是那里人？来这里想要求些什么？”惠能回答：“弟子是岭南新州人，远来参礼，只求作佛。”五祖说：“你是岭南人，又是獦獠（当时中原对南方少数民族贬抑的称呼），那能作佛呢？”惠能说：“人虽有南北之分，佛性却无南北之别。和尚与獦獠两者身虽不同，但是佛性又有什么差别呢？”五祖听闻便知惠能是法器，原想再问，但见到四周都是徒众，只好隐忍不说，便叫惠能随众作务，默而混之。惠能问：“弟子自心常生智慧，不离自性即是福田。不知和尚要惠能作何坡务？”五祖恐其根性太利，遭人嫉妒，便指示他：“别多说了，你就到槽厂去做事吧。”
惠能从此在后院劈柴舂米。经过八个多月，有一天，五祖来到后院，对惠能说：“你的根器甚利，我怕有人嫉妒加害于你，所以才不和你多说，你知道吗？”惠能回答：“弟子明白师父的用意，所以从不曾走到法堂前，以防止别人生疑。”五祖听了，才放心地离去。
得法彻悟
一天，五祖召集所有门人，要大众用自心智慧发表见解，若有领悟佛法大意者，就要传与衣法立为六祖。大众都认为神秀是教授师，祖位必是他得，因此都不作偈。神秀却感为难：想请五祖指点见解深浅，又怕像是争夺祖位；如果不呈，则无法印证，终究不能得法，不知如何是好。于是在作好偈诵后，趁着深夜人静，提灯在堂前廊壁间写下他的偈子：“身是菩提树，心如明镜台，时时勤拂拭，勿使惹尘埃。”
五祖看偈后，知道是神秀写的，虽未见性，但依之修行，可免堕恶道，因此教门人烧香礼敬、诵念受持。惠能在后院工作，听到一童子口诵此偈，便问童子诵念何偈？童子告知是神秀上座的无相偈，五祖要大家依此修行，惠能即请童子带他至廊壁前礼拜。童子引他至偈前，惠能称己不识字，请童子为他读诵，旁有一人是江州别驾，名张日用，就高声朗诵。惠能听后，请别驾帮他书写自作的偈诵：“菩提本无树，明镜亦非台，本来无一物，何处惹尘埃？”此偈写后，五祖门人们都很惊讶，议论纷纷。五祖知道了，恐怕有人伤害惠能，便用鞋子将偈抹去，说道：“这首偈并未见性。”大众听了之后，便以为如此，遂息了诤论。
第二天，五祖悄悄来到碓坊，看到惠能腰间绑石舂米，便赞叹地说：“求道的人，为法忘躯，应当如此。”接着问惠能：“米熟了吗？”惠能回答：“米早就熟了！只是还没筛过。”五祖听后，只以手杖在舂米的用具上敲三下就走了。惠能当时即领会到五祖的用意，于是在半夜三更时进入方丈室。五祖以袈裟遮围为惠能讲解《金刚经》，至“应无所住而生其心”时，惠能言下大悟，呈偈说道：“何期自性本自清净，何期自性本不生灭，何期自性本自具足，何期自性本无动摇，何期自性能生万法。”
五祖知道惠能已悟到本性，便将衣钵传给惠能，说：“你现在是禅宗第六祖，要善自护念，广度有情，将心法流传后世，不要使它断绝！听我说偈：有情来下种，因地果还生，无情亦无种，无性亦无生。”叮咛惠能：初祖的衣钵传到他后就不要再传了，以免引起更多纷争。当晚，五祖亲自送惠能到九江驿，命他上船，并自己划桨。惠能说：“和尚您请坐，应当是弟子划桨。”五祖说：“应该是我度你。”惠能感激的回答：“迷的时候由师父度，悟后就要自己度；承蒙师父传法开悟，现在应该自性自度。”五祖听后，满意地说：“是的！以后的佛法，将由你而盛行。”
保养圣胎
到了九江，惠能辞别五祖，一路向南，经两个月到大庾岭。后面有数百人追来，想要抢夺衣钵。其中有一僧人法名惠明，尚未出家时曾任四品将军，性情粗躁，他比其他人更早追上惠能。
惠能将衣钵放在石头上，自己则躲在草丛中。惠明一见衣钵，就想拿走，可是费尽九牛二虎之力也移动不了，心生惭愧便大喊：“行者，我是为了求法而来，并不是为了争夺衣钵才来的。”惠能听后从草丛中出来，盘坐在大石上，对惠明说：“你既然是为求法而来，现在就万缘放下，勿生一念。”许久之后，惠能说：“不思善，不思恶，当下那个是惠明上座本来面目？”惠明听了顿时大悟，心中大为感激。在惠能叮嘱其善自守护这念心性后；数度作礼，方才辞去。
尔后，惠能来到曹溪，为避免被恶人寻找到，于是在四会地方的猎人队中隐藏避难十五年，这期间猎人常令他看守猎网，每当惠能看到有禽兽落网就偷偷放生，并常为猎人随机说法。
出家弘法
仪凤元年(公元676年)时，有一天，惠能思惟：“此时应当弘法，不可以永远隐遯着。”即离开猎人队到广州法性寺，正值印宗法师在讲解《涅槃经》。会场中有两位僧人看见大殿前的幡受风吹而摇动，因而争辩是风在动？还是幡在动？惠能对他们说：“不是风动，也不是幡动，是仁者的心动。”大众听此直指心性的见解，都对惠能肃然起敬。
印宗法师即刻迎请惠能至上席，询问佛法深意，看到惠能言辞简单而义理了当，不拘泥于言语字句，说：“行者一定不是平常人！我很早就听说黄梅五祖的衣钵已经来到南方，莫非就是行者吗？”惠能说：“愧不敢当。”于是印宗法师向惠能作礼，请惠能将衣钵出示给大众看，并请惠能开示五祖的指示传授。印宗听了，非常欢喜，赞叹地说：“我说的法好比是瓦砾，而仁者所论述的义理，犹如真金般珍贵。”于是在正月十五日为惠能剃发，愿意奉他为师。二月初八，又请许多高僧为三师七证，为惠能授具足戒，使惠能正式以比丘身，成为中国的禅宗六祖。
第二年(公元677年)，六祖辞众归曹溪宝林寺，印宗与道俗千余人相送。韶州刺史韦璩仰其道风，率同僚入山请惠能入城，于大梵寺讲堂为众说法，授无相戒；不久回到曹溪，弘布大法，道俗归崇。六祖弘扬“直指人心，见性成佛”之顿悟法门，与神秀在北方所倡之渐修法门相对，故有“南顿北渐”、“南能北秀”之称。其弟子法海将其教说汇编成书，名《六祖法宝坛经》，盛行于世。神龙元年（公元705年），中宗派遣内侍薛简，召师至京师，师称疾，固辞未往，帝乃敕赐磨衲袈裟等物，并敕改宝林寺为中兴寺，由韶州刺史重修，又赐额为法泉寺，并把六祖在新州时的居所改建为国恩寺。
一花开五叶
先天元年（公元712年），六祖命门人于国恩寺内建立报恩塔。翌年七月，归返国恩寺，八月示寂，时异香满室，白虹属地。林木变白，禽兽哀鸣，世寿七十六。宪宗时谥号“大鉴禅师”。宋太宗太平兴国年中加谥“真宗禅师”；后由仁宗谥号“普觉禅师”，神宗赐“圆明禅师”之谥号。六祖遗体未坏，弟子方辩裹纻涂漆于其上，现存于广东曹溪南华寺（即古代的宝林寺）。遗录有六祖坛经一卷、金刚经口诀等。
师之嗣法弟子四十三人中，以荷泽神会、南阳慧忠、永嘉玄觉、青原行思、南岳怀让等最着，他们得法后，都各成一家。其中以青原、南岳二家弘传最盛；南岳下数传衍为临济、沩仰二派；青原下数传分为曹洞、云门、法眼三派，形成了禅宗五家宗派，此正应验了初祖达磨大师所说：“吾本来兹土，传法度迷情；一花开五叶，结果自然成。”