神秀在堂前廊壁間寫下他的偈子：「身是菩提樹，心如明鏡台，時時勤拂拭，勿使惹塵埃。」為寺內僧人廣為流傳。惠能聽聞此偈，便知此偈未見本性，於是請江州別駕張日用幫他書寫自作的偈誦：「菩提本無樹，明鏡亦非台，本來無一物，何處惹塵埃？」此偈寫後，五祖門人們都很驚訝，互相談論惠能與他的偈誦。五祖恐怕有人傷害惠能，於是用鞋子將偈抹去，並說：「這首偈也沒有見到自性。」大眾聽了之後，便以為如此，遂息了諍論。
爾後，五祖為惠能講解《金剛經》，至「應無所住而生其心」，惠能言下大悟。五祖遂將衣缽傳給惠能，囑其廣度有情，將心法流傳後世。
出生
原籍范陽的盧行滔，因事罷官，被流放至嶺南新州(現廣東省新興縣)；在唐貞觀十二年 (公元638年)二月八日，初獲麟兒，天未破曉時分，有兩位不尋常的僧人來至盧家道賀，並為嬰兒取名為「惠能」，預言此兒將來必能「惠施眾生，能作佛事。」此兒即是日後的禪宗六祖。
惠能三歲時，父親去逝，家中日漸窮困，與母移居廣東南海縣，漸長後，家中即靠惠能砍柴維生。
離家求法
一天，惠能行經旅店，聽聞一客人誦經，頓有所悟，遂問客誦何經，客人回答：「金剛經。」惠能又問：「這部經是從那裡得到的呢？」客人回答：「這是我從蘄州黃梅縣東禪寺請來的。該寺的住持五祖弘忍大師常勸出家與在家弟子要持誦《金剛經》，就能見到自己的自性，直下了悟成佛。」惠能聽了，非常仰慕，很想前往親近，但因母親無人奉養而躊躇不決。有人知道他的困境，於是贈予白銀十兩用來安奉他的母親，成就惠能前往黃梅參禮的願心。
惠能迫不及待的趕路，曉行夜宿約三十日，才到達黃梅參禮五祖。五祖問：「你是那裡人？來這裡想要求些什麼？」惠能回答：「弟子是嶺南新州人，遠來參禮，只求作佛。」五祖說：「你是嶺南人，又是獦獠（當時中原對南方少數民族貶抑的稱呼），那能作佛呢？」惠能說：「人雖有南北之分，佛性卻無南北之別。和尚與獦獠兩者身雖不同，但是佛性又有什麼差別呢？」五祖聽聞便知惠能是法器，原想再問，但見到四周都是徒眾，只好隱忍不說，便叫惠能隨眾作務，默而混之。惠能問：「弟子自心常生智慧，不離自性即是福田。不知和尚要惠能作何坡務？」五祖恐其根性太利，遭人嫉妒，便指示他：「別多說了，你就到槽廠去做事吧。」
惠能從此在後院劈柴舂米。經過八個多月，有一天，五祖來到後院，對惠能說：「你的根器甚利，我怕有人嫉妒加害於你，所以才不和你多說，你知道嗎？」惠能回答：「弟子明白師父的用意，所以從不曾走到法堂前，以防止別人生疑。」五祖聽了，才放心地離去。
得法徹悟
一天，五祖召集所有門人，要大眾用自心智慧發表見解，若有領悟佛法大意者，就要傳與衣法立為六祖。大眾都認為神秀是教授師，祖位必是他得，因此都不作偈。神秀卻感為難：想請五祖指點見解深淺，又怕像是爭奪祖位；如果不呈，則無法印證，終究不能得法，不知如何是好。於是在作好偈誦後，趁著深夜人靜，提燈在堂前廊壁間寫下他的偈子：「身是菩提樹，心如明鏡台，時時勤拂拭，勿使惹塵埃。」
五祖看偈後，知道是神秀寫的，雖未見性，但依之修行，可免墮惡道，因此教門人燒香禮敬、誦念受持。惠能在後院工作，聽到一童子口誦此偈，便問童子誦念何偈？童子告知是神秀上座的無相偈，五祖要大家依此修行，惠能即請童子帶他至廊壁前禮拜。童子引他至偈前，惠能稱己不識字，請童子為他讀誦，旁有一人是江州別駕，名張日用，就高聲朗誦。惠能聽後，請別駕幫他書寫自作的偈誦：「菩提本無樹，明鏡亦非台，本來無一物，何處惹塵埃？」此偈寫後，五祖門人們都很驚訝，議論紛紛。五祖知道了，恐怕有人傷害惠能，便用鞋子將偈抹去，說道：「這首偈並未見性。」大眾聽了之後，便以為如此，遂息了諍論。
第二天，五祖悄悄來到碓坊，看到惠能腰間綁石舂米，便讚歎地說：「求道的人，為法忘軀，應當如此。」接著問惠能：「米熟了嗎？」惠能回答：「米早就熟了！只是還沒篩過。」五祖聽後，只以手杖在舂米的用具上敲三下就走了。惠能當時即領會到五祖的用意，於是在半夜三更時進入方丈室。五祖以袈裟遮圍為惠能講解《金剛經》，至「應無所住而生其心」時，惠能言下大悟，呈偈說道：「何期自性本自清淨，何期自性本不生滅，何期自性本自具足，何期自性本無動搖，何期自性能生萬法。」
五祖知道惠能已悟到本性，便將衣缽傳給惠能，說：「你現在是禪宗第六祖，要善自護念，廣度有情，將心法流傳後世，不要使它斷絕！聽我說偈：有情來下種，因地果還生，無情亦無種，無性亦無生。」叮嚀惠能：初祖的衣缽傳到他後就不要再傳了，以免引起更多紛爭。當晚，五祖親自送惠能到九江驛，命他上船，並自己划槳。惠能說：「和尚您請坐，應當是弟子划槳。」五祖說：「應該是我度你。」惠能感激的回答：「迷的時候由師父度，悟後就要自己度；承蒙師父傳法開悟，現在應該自性自度。」五祖聽後，滿意地說：「是的！以後的佛法，將由你而盛行。」
保養聖胎
到了九江，惠能辭別五祖，一路向南，經兩個月到大庾嶺。後面有數百人追來，想要搶奪衣缽。其中有一僧人法名惠明，尚未出家時曾任四品將軍，性情粗躁，他比其他人更早追上惠能。
惠能將衣缽放在石頭上，自己則躲在草叢中。惠明一見衣缽，就想拿走，可是費盡九牛二虎之力也移動不了，心生慚愧便大喊：「行者，我是為了求法而來，並不是為了爭奪衣缽才來的。」惠能聽後從草叢中出來，盤坐在大石上，對惠明說：「你既然是為求法而來，現在就萬緣放下，勿生一念。」許久之後，惠能說：「不思善，不思惡，當下那個是惠明上座本來面目？」惠明聽了頓時大悟，心中大為感激。在惠能叮囑其善自守護這念心性後；數度作禮，方才辭去。
爾後，惠能來到曹溪，為避免被惡人尋找到，於是在四會地方的獵人隊中隱藏避難十五年，這期間獵人常令他看守獵網，每當惠能看到有禽獸落網就偷偷放生，並常為獵人隨機說法。
出家弘法
儀鳳元年(公元676年)時，有一天，惠能思惟：「此時應當弘法，不可以永遠隱遯著。」即離開獵人隊到廣州法性寺，正值印宗法師在講解《涅槃經》。會場中有兩位僧人看見大殿前的幡受風吹而搖動，因而爭辯是風在動？還是幡在動？惠能對他們說：「不是風動，也不是幡動，是仁者的心動。」大眾聽此直指心性的見解，都對惠能肅然起敬。
印宗法師即刻迎請惠能至上席，詢問佛法深意，看到惠能言辭簡單而義理了當，不拘泥於言語字句，說：「行者一定不是平常人！我很早就聽說黃梅五祖的衣缽已經來到南方，莫非就是行者嗎？」惠能說：「愧不敢當。」於是印宗法師向惠能作禮，請惠能將衣缽出示給大眾看，並請惠能開示五祖的指示傳授。印宗聽了，非常歡喜，讚歎地說：「我說的法好比是瓦礫，而仁者所論述的義理，猶如真金般珍貴。」於是在正月十五日為惠能剃髮，願意奉他為師。二月初八，又請許多高僧為三師七證，為惠能授具足戒，使惠能正式以比丘身，成為中國的禪宗六祖。
第二年(公元677年)，六祖辭眾歸曹溪寶林寺，印宗與道俗千餘人相送。韶州刺史韋璩仰其道風，率同僚入山請惠能入城，於大梵寺講堂為眾說法，授無相戒；不久回到曹溪，弘布大法，道俗歸崇。六祖弘揚「直指人心，見性成佛」之頓悟法門，與神秀在北方所倡之漸修法門相對，故有「南頓北漸」、「南能北秀」之稱。其弟子法海將其教說彙編成書，名《六祖法寶壇經》，盛行於世。神龍元年（公元705年），中宗派遣內侍薛簡，召師至京師，師稱疾，固辭未往，帝乃敕賜磨衲袈裟等物，並敕改寶林寺為中興寺，由韶州刺史重修，又賜額為法泉寺，並把六祖在新州時的居所改建為國恩寺。
一花開五葉
先天元年（公元712年），六祖命門人於國恩寺內建立報恩塔。翌年七月，歸返國恩寺，八月示寂，時異香滿室，白虹屬地。林木變白，禽獸哀鳴，世壽七十六。憲宗時謚號「大鑒禪師」。宋太宗太平興國年中加謚「真宗禪師」；後由仁宗謚號「普覺禪師」，神宗賜「圓明禪師」之謚號。六祖遺體未壞，弟子方辯裹紵塗漆於其上，現存於廣東曹溪南華寺（即古代的寶林寺）。遺錄有六祖壇經一卷、金剛經口訣等。
師之嗣法弟子四十三人中，以荷澤神會、南陽慧忠、永嘉玄覺、青原行思、南嶽懷讓等最著，他們得法後，都各成一家。其中以青原、南嶽二家弘傳最盛；南嶽下數傳衍為臨濟、溈仰二派；青原下數傳分為曹洞、雲門、法眼三派，形成了禪宗五家宗派，此正應驗了初祖達磨大師所說：「吾本來茲土，傳法度迷情；一花開五葉，結果自然成。」