三昧水懺的起源，是唐朝的悟達國師，遇迦諾迦尊者，教他以三昧水洗滌人面瘡而消除累世冤業的懺法。
在唐朝懿宗皇帝時，有一位知玄悟達國師，在他年少還未被封為國師時，曾參訪叢林，掛單在一間不知名的寺裏，正巧另一位僧人也掛單在該寺，但那位僧人得了很重的病，通身長滿了瘡，發出很難聞的臭氣，所以都沒有人想要和他來往，國師住在他的隔壁，很同情他的病苦，常常照應他，一點都沒有討厭躲避的感覺。
不久那位病僧的病也好了，為了道業各奔前程，在臨別的時候，那位僧人為了感激知玄和尚的德風道義，就對他說：「你以後如有難臨身，請你不妨到西蜀彭州九隴山來找我，我會設法解救你的災難。記住山上左邊兩棵大松樹連在一起，那就是我居住地方的標誌。」說完便離去了。
後來知玄和尚因為德行高深，唐懿宗十分崇敬，賜他沉香莊飾的寶座，悟達國師坐上寶座之後卻生起一念傲慢心，心想現在是一人之下萬人之上，於是從這時候開始，膝蓋上便生出一個人面瘡來，長得和人面一模一樣，每次還要用飲食餵他，也能像人一樣開口吃東西，悟達國師當時痛苦難忍，遍請各地的名醫，但是每位名醫都無法醫治。
國師這時突然記起過去，同住的那位病僧臨別所說的話，於是便前往西蜀彭州九隴山去尋找。一日，天色已晚，忽然看見了兩棵並立的松樹，再往前一看是一座金碧輝煌的殿堂與那僧人，兩人相見甚歡，國師便把所患的怪疾告訴他，僧人便加以安慰，告訴國師不要擔心，只要用清泉水洗一洗即可。
次日清早僧人就令一個孩童引領國師到巖下清泉的溪旁清洗，國師剛要捧水洗人面瘡時，人面瘡竟然大聲呼喊：「不可以洗啊！您知識廣博、見解深遠，但不知是否曾讀過西漢書上，袁盎與晁錯傳呢？」國師回答說：「曾經讀過。」人面瘡就說：「往昔的袁盎就是您，而晁錯就是我，當時晁錯被腰斬時，心懷怨恨，因此我累世都在尋求報復的機會，可是您十世以來，都是身為持戒嚴謹的高僧，冥冥中戒神在旁守護，使我沒有機會報復，而今您受到恩寵，動了一念名利心，無形中德行已經虧損，因為這個緣故，我才能接近您的身邊來報仇。現在蒙聖人迦諾迦尊者出面來調解，賜我三昧法水（此三昧水是迦諾迦尊者三昧力的加持而成三昧法水），讓我得解脫，今後我不再與您為難作對了。」
悟達國師蒙受聖人的救護，洗除多生的宿冤，因此寫成懺本，早晚恭敬禮誦，來報答大聖的恩德，並命名為慈悲三昧水懺，就是取尊者以三昧水洗人面瘡，解開兩家累世冤業的緣故。
今日大眾在禮拜懺悔時，藉由祖師大德身行、言教的提示，應當發起真誠的清淨心，以三昧法水洗去我們累劫的塵垢。